Mælkesyrebakterierne i EM er de mest aktive. De er forholdsmæssigt mest repræsenteret, de formerer sig hurtigst, og de dør hurtigst. Gruppen af mælkesyrebakterier omfatter mange forskellige arter. Mælkesyrebakterier fermenterer de forskellige kulhydrater og sukkerarter og producerer naturligvis mælkesyre og eddikesyre, men også forskellige vitaminer og proteiner. De trækker ikke vejret og kan ikke lide ilt og luft særlig meget, men de kan tåle ilt. Mælkesyrebakterier er gamle kendinge fra yoghurt-, surkåls- eller surdejsproduktion, og deres raffinerende virkning på fødevarer er generelt værdsat.

Hvor mælkesyrebakterier ikke kan klare sig, træder gær og fotosyntetiske bakterier til. Når toksiner skal knækkes, når der er brug for særlige vækststoffer, enzymer og hormoner, eller når mere komplekse organiske forbindelser skal behandles.

Gær anvendes til fremstilling af vin, øl og brød, og de formerer sig kun lidt langsommere end mælkesyrebakterier. De spiser også kulhydrater og sukkerstoffer og producerer f.eks. alkohol, forskellige syrer, enzymer og vitaminer (f.eks. B-vitaminer) og antioxidanter. EM-blandingen producerer dog kun meget små mængder alkohol. Gær kan både gære og ånde og beskytter de andre mikroorganismer i EM mod for høje iltkoncentrationer. De indånder simpelthen den ilt, der er til stede. Dette er også årsagen til det gærlag, der normalt dannes på en EM-ansats.