Effektive mikroorganismer blev oprindeligt udviklet som et jordtilsætningsstof. Tanken var at spare på gødning og pesticider. Set i bakspejlet er det ikke overraskende, at denne opdagelse kom fra Japan, hvor fermentering traditionelt bruges meget, og hvor japanerne er fanatikere, når det gælder kompostering.

Med EM nedbrydes organisk materiale i jorden ikke så hurtigt (fermentativ omdannelse og syntese i stedet for oxidation), og der produceres mange stoffer, der er værdifulde for planten. Ved at undgå oxidation lagrer inokulerede jorde mere energi og humus. Ved at undertrykke forrådnelsen sparer planterne for mange giftstoffer. Jordbunden kan igen udføre sin naturlige buffer- og beskyttelsesfunktion.

Planterne takker for en EM-optimeret jord med bedre vækst af fine rødder og mindre modtagelighed for skadedyr og sygdomme. Planterne kan udnytte næringsstofferne bedre – og der er således behov for betydeligt mindre gødning, uden at udbyttet lider under det. På længere sigt kan man helt undvære mineralgødning. Produkternes kvalitet forbedres, fordi planterne indeholder flere antioxidanter og vitaminer (målbart som redoxpotentiale) og dermed holder længere.